Свой первый проект Щусев выполнил еще будучи студентом: в 1895 году он узнал из газеты о смерти генерала Шубина-Поздеева и без рекомендаций пришел к вдове с готовым эскизом надгробия, сумев убедить ее отдать заказ именно ему. Так, по его чертежам на кладбище Александро-Невской лавры была построена квадратная часовенка под шатром.

Академию Щусев окончил блестяще: за свою дипломную работу он получил не только медаль, но и поездку за границу. В составе научной археологической экспедиции выпускник отправился в Среднюю Азию исследовать два древних памятника Самарканда — гробницу Тамерлана и соборную мечеть Биби Ханум. Впечатления от этого путешествия оказали влияние на дальнейшие работы архитектора.

В мастерской при Святейшем синоде он начал проектировать иконостасы и церкви. А также занялся восстановлением храмов в руинных состояниях. За разработанную методику реставрации в 1910 году он даже получил звание академика. Потому что к вопросам реставрации Щусев подходил с научной точки зрения — все тщательно вымерял и рассчитывал, использовал не только остатки стен прежнего здания, но и фрагменты его перекрытий, которые извлекал при раскопках.
Проекты ​​храма Сергия Радонежского на Куликовом поле и ​​храма во имя Покрова Пресвятой Богородицы, который по сей день стоит на Большой Ордынке, принесли Щусеву известность.

Следующим крупным заказом стал Казанский вокзал, на строительство которого выделили баснословную сумму — 3 миллиона золотых рублей. В конкурсе проектов он конкурировал с Шехтелем, но все же в 1911 году именно Щусева утвердили главным архитектором.
Советский период
После октябрьской революции в стране начались аресты и конфискации, многие представители русской аристократии эмигрировали. Но Щусев остался, несмотря на то, что новая власть закрыла Марфо-Мариинскую обитель (в которой находится ​​храм во имя Покрова Пресвятой Богородицы), а также заморозила строительство вокзала.
Более того, он оказался в числе самых востребованных архитекторов и в 1918 году начал разработку генерального планы “Новой Москвы”. По его задумке, весь исторический центр города, асимметричность улиц должны быть сохранены. Частные сады должны были превратиться в парки и общественные пространства. А все правительственные учреждения он хотел перенести из Кремля на Ленинградский проспект, чтобы в Кремле открыть музей.

Его план был направлен на создание города-сада и сильно отличался от “сталинского” генерального плана реконструкции столицы 1935 года. Проект Щусева не получил развития в 1923 году, хотя он был досконально разработан. Власти были им недовольны, и зодчему грозили репрессии. Но им помешала смерть Ленина 21 января 1924 года.
Президиум ЦИК СССР планировал захоронить вождя у Кремлевской стены, а над могилой соорудить доступный для посещения склеп. В ночь с 23 на 24 января Щусева вызвали в Кремль с задачей срочно соорудить временный мавзолей. Его архитектору удалось возвести всего за четыре дня. Правда, простоял он недолго. В том же году там построили второй временный мавзолей из дерева, а уже в 1930-м — постоянный, из железобетона, гранита и лабрадорита.
Проект мавзолея не просто спас Щусева от репрессий, он открыл для него все дороги — признанный главный зодчий Страны Советов теперь мог позволить себе многое. Он демонстративно не вступал в КПСС, открыто помогал бедствующим аристократам, архитекторам и инженерам. А в 1930-х он возглавил одну из самых известных в Москве архитектурных мастерских, в стенах которой родились проекты многих известных зданий.
Проекты Щусева
Глядя на проекты Щусева, сложно поверить, что это создал один человек, настолько разные они были. Но Щусев был архитектором эпохи модерна, поэтому мастерски умел работать с разными стилями и делал это убедительно и органично.
Казанский вокзал
1913—1940 годы
В 1913 году на месте одноэтажного старого вокзала началось строительство нового ансамбля по проекту Щусева. Работа над проектом длилась до 1940 года с перерывами на революцию и Гражданскую войну. Не все, что задумал архитектор, удалось реализовать, но все же комплекс поражал своим размахом.
В сложной композиции намеренно была нарушена симметрия, потому что архитектор старался органично связать вокзал с уже построенными городскими зданиями. Корпуса отличались по высоте и форме, и казалось, будто ансамбль складывался на протяжении столетий и строился разными авторами.

Щусев все продумывал до мелочей, даже наброски для оформления зала ресторана делал сам. Впоследствии он привлек к работе таких художников, как Репин, Серебрякова, Бенуа, Лансере. Их эскизы были утверждены правлением дороги, но из-за войны и революции они так и не были осуществлены. Зато по сей день в залах сохранились светильники по проекту Щусева и лепнина.
Павильон России на Международной художественной выставке в Венеции
1914 год

В этом году на Венецианской архитектурной биеннале был представлен результат реставрации павильона России, который в 1914 году построили по проекту Алексея Щусева. Уже более века он является домом русской культуры. И за это время здание сильно изменилось: например, после Второй мировой войны его фасад перекрасили из зеленого в охровый, а часть окон и дверей вовсе заблокировали. Но в рамках проекта Open! архитекторы вернули павильону оригинальный цвет, потому что, по задумке Щусева, он должен был сливаться с окружающей средой. А также сделали сооружение “более прозрачным”, так как проект предполагал сильную связь между зданием и пейзажами — красивые виды Венецианской лагуны открывались из каждого угла выставочного пространства.

Мавзолей Ленина на Красной площади
1924—1930 годы
В 1924 году был построен первый деревянный мавзолей по проекту Щусева. Почему именно его назначили архитектором, несмотря на то, что ранее раскритиковали его план Москвы? Потому что в стране на тот момент было не так много выдающихся архитекторов, а Шехтель работал на людей, которые были противниками советской власти. Кроме того, Щусев обладал отличными организаторскими способностями и знал, как работать на стройке. Поэтому всего за четыре дня он сумел найти людей, материалы и успел построить деревянный мавзолей для прощания с Лениными. Он простоял недолго, и в этом же году его заменили вторым деревянным сооружением, но более монументальным.

Спустя время он выиграл конкурс на проект постоянного каменного мавзолея. И каким бы ни было отношение к Ленину, работа была гениальной. Во-первых, сооружение подчеркивало горизонталь Красной площади. Во-вторых, из-за красного цвета оно не нарушало гармонию, а сливалось со стеной. В-третьих, мавзолей был построен в виде трибуны — главного атрибута советской власти.

Здание Наркомзема на Садовой-Спасской улице
1928—1933 годы
Соавторы: Д. Д. Булгаков, И. А. Француз, Г. К. Яковлев
Здание Наркомзема занимает площадь целого квартала и является одним из самых масштабных и значительных в градостроительном отношении сооружений Москвы. Причем оно удержало лидерство даже после завершения строительства административного здания Центросоюза по проекту Ле Корбюзье. Авторами проекта Наркомзема выступили архитекторы мастерской Щусева, в которой трудились Булгаков, Француз, соавтор проекта Мавзолея Ленина, Яковлев, автор здания “Марьинского Мосторга”, Корнфельд, автор ДК им. Горбунова и кинотеатра “Родина”, а также Гринберг, построивший знаменитый оперный театр в Новосибирске.
Сооружение состоит из трех корпусов, выстроенных вокруг внутреннего двора трапециевидной формы. Одна сторона здания выходит на Садовую-Спасскую, угол на пересечении с Орликовым переулком выделен полуцилиндрическим ризалитом (часть, чуть выступающая за основную линию фасада), а угол с проспектом Академика Сахарова выделен скруглением стен, над которым на уровне седьмого-восьмого этажей проступают ровные грани прямоугольного объема. В здании архитекторы применили многие технологические новшества (например, лифты непрерывного действия). К сожалению, в процессе эксплуатации были заменены окна и интерьеры, а оригинальное убранство сохранилось только в актовом зале.

Гостиница “Москва”
1930-е годы

Авторство гостиницы “Москва" часто приписывают Щусеву, но это был проект Савельева и Стапрана. Однако их концепция (сначала — конструктивистское здание, а затем — отразившее переходную стилистику от конструктивизма к ар-деко) не понравилась правительственным чиновникам и в качестве соавтора назначили Щусева. Архитектор слегка переработал проект и добавил декор в виде шестиэтажного восьмиколонного портика, аркад в центре главного фасада, башенки по углам здания.

Гостиничный комплекс был разобран в 2004 году, а на его месте возведено новое здание, которое воспроизвело формы старой гостиницы.
Точно так же Щусеву приписывают авторство кольцевой станции “Комсомольская”, но он пришел в этот проект на последнем этапе, поэтому по большому счету это была не его работа. Кроме того, строительство было завершено уже после его смерти.
Музей архитектуры
Щусев также занимался реконструкцией дома НКВД на Лубянской площади, проектировал жилые дома, занимался восстановлением городов, разрушенных в годы Великой Отечественной войны (Истры, Великого Новгорода, Туапсе, Кишинева), но его памятником стал музей архитектуры, за открытие которого он боролся, поскольку имел внушительный архив наследия русской архитектуры.
В послевоенные месяцы Алексей Щусев проводил общественную кампанию о важности открытого музея архитектуры, и в 1945 году Молотов выпустил постановление о создании Республиканского музея русской архитектуры. Учреждение решили разместить в усадьбе Талызиных, построенной в XVIII веке по проекту Матвея Казакова. Здание было отреставрировано по проекту Щусева: его команда реконструировала фасад и внутренние перекрытия, а в вестибюле восстановила орнаменты в древнеегипетском стиле.